No se ve archivos de particion

tengo 5 particiones con fat32

2 particiones (D: y E: ) estan con virus W32/chir.B y el W32/Nimda.htm.

cuando el panda antivirus analiza esas 2 particiones, no encuentra ningun
archivo, como si no hubiera nada. pero si voy carpeta por carpeta el panda
detecta y elimina el virus de cada archivo , segun estos se activan al pasar
por esas carpetas.

algo parecido le sucedio a mi particion primaria C: y al ser primaria, ya no
boteo, tuve que formatear todo C:/ con fat32 para poder iniciar la pc, pero
los archivos si estaba ahi, por que cuando inicie el erd commander se veian
los archivos de c: , solo que simplmente ya no booteaba ni se podia acceder
ala particion desde ms-dos.

es como si el virus u otro motivo halla alterado la particion , que ni
siquiera chekando con scandisk no encuentra ningun error, ya hice
exploracion de superficie y todo ok, ningun sector dañado.

de antemano agradezco sus comentarios, gracias

pd: tengo win2000 prof sp4