Una consulta sobre crear respaldos y monitorear archivos y carpeta

Buenos dÃ*as:
Con la reciente experiencia de haber perdido mis 2HD, pero con la gran
posibilidad de haber salvado el 100% de mi dada (Dios mediante espero que
asÃ* haya sido pues aún no lo puedo comprobar por obvias razones) he decidido
realizar no sólo un backup en DVD's (tendré que ver como agenciarme una
grabadora pero ese es otro cantar) y también hacer uso de los servicios
online como Google Docs, Office Live y SkyDrive para poder tener siempre a
la mano copias de mis archivos más importantes (diseños, plantillas,
documentos, informes, etc.).

De algunas carpetas no va a ser problema porque resulta muy obvio (como las
carpetas del inetpub ya que trabajo no más de 2 diseños a la vez asÃ* que eso
no es problema), pero hay otras carpetas como favoritos, configuración de
algunos programas, archivos como los cookies y passwords guardados, etc. y
me preguntaba si existe alguna forma de hacer alguna (ideal serÃ*a todas)
estas funciones que paso a enumerar:

1. Que me indique que programas han creado nuevos archivos de configuración
o archivos propios del programa debido a una "personalización" del mismo.
2. Monitorear una serie de carpetas para ver si han habido archivos
modificados.
3. Descartar en la búsqueda archivos de sistema que no sean precisamente
importantes en lo referente a la configuración y personalización del sistema
y/o programas.

Supongo que hay programas que puedan hacer eso, pero la verdad no soy muy
partidario de estar instalando programas en abundancia, por eso les consulto
por si hay alguna alternativa, no se, tal vez algún script o tarea
programada que pueda ayudarme total o parcialmente en estos menesteres. La
idea es que al final de mi dÃ*a de trabajo, ejecute alguna instrucción,
archivo o programa y me muestre lo que tengo que backapear en ese momento,
para proceder a comprimir y subir a los servicios mencionados (según sea el
caso).

Agradezco mucho el apoyo que me brinden.
Un saludo desde Lima, Peru
ACD